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空军军医大学（第四军医大学）药学系成立于2004年10月，由系机关、药物化学与药物分析学、药理学、化学制药学、中药与天然药物学、生物制药学、药剂学与药事管理学教研室组成。
药学系是全国首批“211工程”、军队“2110工程”、总后“530工程”重点建设学科，是“2011计划”培育学科，是国家“双一流”参建学科；有8个国家、军队、省级重点实验室和工程中心，总面积12000m2，仪器设备总值1.2亿元。药学学科在第三轮全国药学一级学科评估中排名第10位，第四轮评估中为B+，标志着学科建设已处于全国同类药学院校的先进行列。
1986年药理学被批准为博士学科、2007年获批药学博士后流动站、2010年获首批药学、中药学硕士专业学位授权点、2011年获批药学、中药学一级学科博士授权点，已形成了本科生、硕士生、博士生和继续教育的多层次培训体系。培养本科生近600名、研究生400名、进修生30余名。
形成了以院士领衔、以三级教授为带头人、以优秀中青年为骨干的创新型学术团队。高级职称40多人，其中45岁以下占81.5%，博士占87%，有国外留学经历者占38.6%，其中张生勇教授为中国工程院院士，罗晓星、张英起教授为三级教授，还有全国“教学名师奖”、全军优秀教师、总后优秀教师、总后教学标兵、全军育才奖金银奖获得者、全国优秀科技工作者、全国“巾帼发明奖”获得者、总后“三星”人才、陕西省“三秦学者”等。
获陕西省教学成果一等奖1项、二等奖4项，陕西省精品资源共享课程1项；获得国家、省级科技创新团队，主编《军事药物学》等专著20多部专著、参编60多部，培养研究生中获全国优博论文1人，全军优博1名，全军优硕2名，省优博6名，有多名本科生参加全国大学生英语大赛、药苑论坛获奖。
获国家科技进步二等奖1项、陕西省科技一等奖7项、军队科技一二等奖2项、专利金奖2项，在研国家、军队、省部级以上课题257项，经费超2亿元，其中国家课题130项，国家重大新药创制项目32项（含军特药项目25项）。近五年发表SCI论文424篇，其中IF大于10的2篇、大于5的33篇。获新药证书5项，临床批件6项，军队制剂40多项，签订10余项合同金额上亿元。
在国家、军队、区域性学术团体任主委、副主委24名，杂志主编、副主编25人，每年选派10次参加国际性学术会议、请15-20名著名专家学者来校讲学、派出5人左右到国外学术机构长期留学；与美、加、英、法、德等国近20所院校建立了稳定合作交流，定期组织专家教授赴国内名校学习，聘请巴黎南大学Kagan、美国北卡大学黄力夫、美国康奈尔大学Micer、加拿大多伦多大学卓敏等，国内秦伯益、陈凯先、王广基、王宁生为名誉或客座教授。
承办了中国药理学大会、世界药理大会西安分会、国际药物代谢学术会议，主办了全国药理学教学改革研讨会、全国工业生物化学与分子生物学学术年会、全国医学医药院校教学改革及微课慕课研讨会、秦巴山区中药发展协同创新中心启动会以及省级学术年会等。
