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空军军医大学军事医学心理学系前身可追溯至成立于1960年的第四军医大学空军医学系心理学教研室，历次更名为第四军医大学航空航天医学系心理学教研室、第四军医大学医学心理学系、空军军医大学医学心理学系，2017年11月正式更名为空军军医大学军事医学心理学系。
50多年来，在陈南宜、皇甫恩、苗丹民等几代学科带头人的努力下，心理学科奠定了引领全军心理学发展的地位。概括起来有3个最早和5个唯一。全军最早有建制的心理学教学科研机构（1960年），全军最早开设本科生心理学课程的教学单位（1963年），全军最早心理学硕士学位授权学科（1993年）；全军唯一军事医学心理学重点实验室（2001年），全军唯一心理学博士学位授权学科（2003年），国防部全国唯一征兵心理检测技术中心(2006年)，全军唯一心理学一级学科（2010年）和全军唯一心理学博士后流动站（2012年）。在最新教育部学位与研究生教育发展中心公布的全国第四轮学科评估中，作为军队院校心理学科唯一上榜的单位，军事医学心理学系在评估划定的八个档次中位于第四档，在全部参评的51个院校（23个博士授权学科和28个硕士授权学科）中排名第11位。
军事医学心理学系设置1个机关、4个教研室（基础心理学教研室、临床心理学教研室、航空航天心理学教研室、军事心理学教研室）和1个教学实验中心。实验室占地面积1500平方米，设有心理测评实验室、心理训练实验室、脑电生理实验室、眼动实验室、生物反馈实验室、虚拟现实实验室、飞行错觉实验室、心理治疗实验室、心理咨询与行为观察实验室，仪器设备总价值1300余万元。
目前全系共有工作人员26人，教授4名、副教授4名，博士研究生导师3名、硕士研究生导师7名。导师队伍中80%以上具有应用心理学或医学博士学位，75%以上有美、英、日、澳、瑞典等留学经历，2人赴以色列参加军事心理学短期受训。拥有原总后勤部院士后备人选1人，全国优秀科技工作者1人，军队高层次创新工程领军人才1人，全军杰出专业技术人才1人，国防大学客座教授1人；军队院校育才奖金奖获得者1人，银奖获得者3人。
军事医学心理学系是全军心理卫生研究中心，是中国心理学会军事心理学专业委员会、全军心理学专业委员会、中国康复医学会康复心理学专业委员会等学会的挂靠单位和/或主任委员单位；是国家教育部高等院校心理学教学指导委员会、中国社会心理学会军事心理学专业委员会、中国心理学会科普专业委员会、全军心理卫生专家咨询和指导委员会、陕西省心理学会等学会副理事长/副主任委员单位。
军事医学心理学系自2012年起招收临床医学（心理学方向）本科生。同时，招收应用心理学专业、医学心理学专业硕士和博士研究生。年均承担学历教育和任职培训教育近2000学时，累计为国家和军队培养了博士后5名（含在站）、博士研究生79名、硕士研究生259名（1人获全国优秀硕士学位论文）、学士29名、各类心理骨干12000余名。
军事医学心理学系一直是大学为社会服务、为军服务的“名片”。先后完成抗震救灾等多样化军事行动的心理保障、救援和演练任务。年均为社会、为军队心理服务200余人次，授课50余场次，受益军民超过10万人。
